لغت «جامع» به معنای مسجد بزرگ، مسجد آدینه و یا مسجدی که در آن نماز جمعه می خوانند و مراسم اعتکاف به جا می آورند، اطلاق می شود. این گونه مساجد بزرگ، نخستین بار در عهد پیامبر اکرم(صلی الله و علیه و آله) و پس از آن در دوره ی حکومت امویان در مراکز و بلاد اسلامی ساخته شدند و چون در این مساجد علاوه بر مسائل دینی و سیاسی، مسائل علمی نیز مطرح می شد و حلقه های درس که شرکت در آنها برای هر جوینده ی دانش ممکن بود، در آنها شکل می گرفت، عنوان «جامع» برای آنها به کار رفت. بعدها واژه ی «جامعه» به معنای دانشگاه مترادف با «جامع» به کار برده شد.
مساجد از این نقطه نظر، دانشگاه های بزرگ اسلامی به شمار می آمدند. مسجدالنبی که هم زمان با هجرت رسول خدا به مدینه بنیان گردید، در واقع کهن ترین دانشگاه اسلامی و پایگاه اساسی ترین تعلیمات در تایخ آموزش اسلامی بودهاست. علاوه بر مسجدالنبی می توان از مجسد الحرام در مکه، جامع بصره و کوفه، جامع ری، جامع عمرو در فسطاط مصر، مسجد الاقصی و قبه الصخره در بیت المقدس، جامع اموی در دمشق، جامع زیتونه در تونس، جامع قیروان در مراکش، جامع الازهر در مصر به عنوان برخی از مراکز مشهور آموزش اسلامی نام برد.
واژه ی «الازهر» نیز از ریشه ی «زهر» به معنای تابش، درخشش، و پرتوافکنی اخذ شده است.
دربارهی اینکه چرا این دانشگاه به این نام اشتهار یافته، نظرات گوناگونی وجود دارد، برخی معتقدند شاید به مناسبت کلمه ی زهرا لقب حضرت فاطمه زهرا (سلام الله علیها) به ازهر نامگذاری شده باشد. برخی نیز معتقدند نامگذاری آن به سبب محاط بودن به کاخهای باشکوه خلافت فاطمیان(المقصور الزاهره) یا درخشندگی آن در میان دیگر جوامع مصر بوده است.
براساس قانون مصوب 1961 م، دانشگاه الازهر یک موسسه بزرگ دینی اسلامی است که وظیفه اش پاسداری از شریعت اسلام و زبان عربی و نشر آن و تعلیم دانشجویانی است که پس از فراغت از تحصیل عهده دار تدریس علوم دین و زبان عربی و متصدی امور شرعی شوند. در ضمن دانشجویان مسلمان از هر نقطه از کشورهای اسلامی با تفاوت های نژادی و ملیتی در آن پذیرفته می شوند
تاسیس جامع الازهر به دوران حکومت فاطمیان باز می گردد. فاطمیان از بزرگ ترین سلسله های حکومتی آفریقای شمالی بودند که دارالخلافه ای در برابر درالخلافه بغداد تاسیس کردند. خلفای فاطمی از شیعیان اسماعیلی به شمار می روند. این دانشگاه چون تاجی بر سر افتخارات فاطمیان می درخشد.
بنیان گذار جامع الازهر، «جوهر کاتب صقلی» سردار نیرومند، المعزّ لدین الله، چهارمین خلیفه فاطمی است که در پی فتح مصر شهر قاهره را ساخت و مسجد الازهر را نیز در جنوب شرقی و سوی قبله ی قص خلیفه در میان محله ی ترک و دیلم بنا نهاد. بنای الازهر در 24 جمادی الاول سال 359 ق آغاز و در 7 رمضان 361 ق، پایان یافت و در همان ماه رمضان، نخستین نماز جمعه توسط ابو تمیم، المعزّ لدین الله در آن اقامه شد.
بدین ترتیب پایدارترین یادگار سلسله فاطمی و یکی از قدیمی ترین دانشگاه های جهان تاسیس گردید. همان طور که قاهره نخستین پایتخت تشیع بود، الازهر نیز نخستین جامع بود که شعار تشیع در آن آشکار شد و خطبه به نام امام علی علیه السلام و امامان اسماعیلی قرائت شد. برخی نیز از آن به عنوان جامع مشهور مصر و نخستین مسجدی که در قاهره تاسیس شد یاد می کنند.
ریاست دانشگاه الازهر، از نیمه قرن یازدهم قمری، مطابق سده ی هفتم میلادی نخستین بار توسط حکمرانان عثمانی به یکی از دانشمندان مشهور علوم دینی سپرده شد، که وی لقب «شیخ الازهر» را به خود گرفت.
نخستین متصدی این مقام، محمد بن عبدالله الخراشی مالکی بود که در سال 1100 ق، شیخ الازهر گردید. وی یک سال در این مقام ماند و بعد از یک سال درگذشت
نخستین طلایه های مبدل گشتن الازهر به یک محفل آکادمیک در قرن 19 میلادی ظهور کرد. در این زمان شیخ الازهر به درخواست سید جمال الدین اسد آبادی از استادان الازهر، مقرّراتی را برای امتحان جهت گزینش اساتید و صدور گواهی رسمی برای فارغ التحصیلان صادر نمود.
دانشگاه الازهر با حدود نيم ميليون دانشجو از سرتاسر جهان، بزرگترين دانشگاه جهان اسلام محسوب میشود. این دانشگاه پيش از بازسازي مانند بسياري از حوزههاي ديني، آموزش را تحت دو عنوان كلي علوم نقلي مانند كلام، اصول فقه، قرائت، تفسير قرآن، لغت و صرف و نحو، و علوم عقلي همچون رياضيات، علوم فرائض و منطق خلاصه میکرد؛ اما هم اکنون تخصص هایی چون پزشکی، نجوم و هندسه نيز در اين دانشگاه تدريس ميشود.
درحال حاضر الازهر به دو بخش جامعه الازهر(بخش دختران) و جامع الازهر(بخش مردان) با 43 دانشكده ويژه آقايان و 17 دانشكده مختص دختران مشغول فعالیت است.